Rodrigo po otruciu ma bardzo małe szanse na przeżycie. Kontrowersyjną próbę uratowania ojca podejmuje Lukrecja. Caesar chce go momentalnie pomścić i zabija wielu Dominikan, których podejrzewa o otrucie. Oczywiście kardynałowie momentalnie zaczynają rozważać los urzędu i olbrzymich dóbr Borgiów. W pałacu pojawia się kardynał Della Rovere starając się zaskarbić sobie uznanie innych. Do kardynała Sforzy przychodzi jego krewny i zachęca go, aby postarał się o szaty papieskie.
Po nieudanej próbie zabicia całej rodziny Borgiów, Rodrigo postanawia zemścić się na Katarzynie Sforza. Wie, że ta planuje stworzyć koalicję przeciw jego rodzinie i zaprasza do niej licznych przedstawicieli zamożnych włoskich rodzin wrogich Borgiom. Caesar ma zadbać o poznanie tego spisku, a Aleksander VI chce poradzić sobie ze spiskującymi kardynałami. Postanawia na pierwszy ogień wziąć kardynała De Luca.
Papież kończy rozprawiać się z niewiernymi kardynałami. Versucci w zemście uciekając podpala zabiera część ważnych dokumentów, a resztę podpala. Katarzyna Sforza zatrudnia najlepszych najemników w celu pokonania swoich wrogów i w tym celu jej człowiek odwiedza Florencję. Tymczasem małżeństwo Lukrecji z dziedzicem Neapolu jest zagrożone, ponieważ kością niezgody okazuje się mały Giovanni. Caesar odwiedza to miasto, żeby ustalić warunki ślubu i zobaczyć ich armię. Do papieża zgłasza się francuski ambasador z nietypową prośbą.
Aleksander VI po czystce wśród kardynałów musi uzupełnić wakaty. Nie nominuje najlepszych kandydatów, ale tych o których wierności jest przekonany. Wśród nich znajduje się brat Gulii Farnese, który dostaje od Rodrigo specjalne zadanie - ma zbadać stan watykańskiego skarbca. Król Neapolu dowiaduje się, że jego syn jeszcze nie skonsumował małżeństwa. Zmusza więc Alfonso, żeby ten wrócił do Lukrecji, ale ta czuje się obrażona.
Papież zostaje oskarżony o udział w cudzołóstwie. Chce pozbyć się księżnej, ale ta odmawia odejścia i oznajmia, że jest w ciąży z jego dzieckiem. Katarzyna Sforza zachęca możnych z włoskich rodzin, żeby dołączyli do jej koalicji, ale ci wiedząc, że Caesar pojechał do Francji, nie chcą ryzykować wojny. W Avinionie syn papieża spotyka Machaviellego, który ma dla niego ważne rady. Sam Borgia stara się zdobyć jak największe korzyści za anulowanie małżeństwa Ludwika XII, a dodatkowo nęci Francuzów tytułem kardynała.
Katarzyna Sforza próbuje kolejny raz zabić papieża. Tym razem wysyła mu zarażony prezent. Tymczasem Aleksander decyduje się na zorganizowanie wielkich uroczystości z okazji roku Jubileuszowego (1500). Zachęca kardynałów, aby proponowali atrakcje i sposoby zdobycia środków. Do władz Rzymu zgłaszają się Żydzi z Konstantynopola prosząc o pozwolenie na handel w mieście. Caesar przybywa do Italii z francuską armią, co początkowo przeraża Rodrigo. Lukrecja po śmierci króla Neapolu, może znowu być ze swoim synem.
Po zajęciu Milanu wojska pod dowództwem Caesar'a mają dalej gonić Ludwika Sforza. Niestety dowiaduje się, że jeden z kardynałów dał się zarazić chorobą wysłaną przez Katarzynę Sforza. Caesar postanawia spalić cały pałac. Po śmierci króla Neapolu, Lukrecja zaczyna dowiadywać się, jak działają mechanizmy władzy i okazuje się, że jeśli władcą zostanie książę Rafael, to Giovanni będzie musiał ponownie opuścić miasto. Chce zdobyć poparcie ojca, aby do tego nie dopuścić.
Po śmierci syna, Katarzyna Sforza chce się zemścić na synu Rodrigo. W tym celu szykuje "całun turyński", który zwraca na siebie uwagę Caesar'a. Kiedy ten przychodzi obejrzeć relikwię, która rzekomo płakała łzami krwi, żołnierze Katarzyny podpalają lont do ukrytych beczek z prochem. Aleksander VI zgadza się na koronację nowego króla Neapolu. Nowy władca prosi, aby Lukrecja została ambasadorem Rzymu w jego mieście.
Micheletto zgodnie z rozkazem swojego pana zabija Pascala. Jest to dla niego trudna i decyduje się rzucić swoją służbę. Tymczasem w Neapolu Lukrecja wyprawia wielkie święto na cześć Dionizosa. Wszystkim gościom podaje usypiającą substancję, dzięki czemu jest w stanie uciec z miasta. Cesare chce ją odbić, ale szczęśliwie spotykają się w środku drogi. Po zniszczeniu floty tureckiej, Rodrigo postanawia zakupić całe zapasy siarki produkowane we Włoszech, aby uniemożliwić wrogom zbrojenie się wrogom. Do pomocy wykorzystuje swojego żydowskiego przyjaciela - Mattai.
Cesare zdobywa pozwolenie Florencji na przejście przez jej ziemie. Zbiera obie swoje armie i wyrusza na Forli, aby zniszczyć bunt Katarzyny Sforza. Dość szybko zaczyna oblężenie przeciw nieprzygotowanemu miastu, ale grube mury mogą bardzo długo wytrzymywać ogień artyleryjski. Rodrigo wyznaje swojemu synowi, że chciałby, aby został następnym papieżem, ale dla niego to zaskakujące.