Po śmierci papieża Innocentego VIII, kardynał Rodrigo Borgia zdobywa tytuł papieża przy pomocy łapówek i obietnic. Zasiada na tronie apostolskim pod imieniem Aleksandra VI. Kardynałowie Orsini oraz Della Rovere nie chcą się pogodzić z takim przebiegiem wydarzeń i zaczynają szykować spisek, mający na celu obalić nominowanego papieża.
Cesare rozkazuje Micheletto śledzić kardynała Della Rovere. Ten poszukuje legalnych metod na obalenie władzy papieża. Rodrigo Borgia rozpoczyna romans z Giulią Farnese, czym rozwściecza matkę swych dzieci - Vanozzę. Ta grozi papieżowi, że pomoże jego wrogom w znalezieniu dowodów na jego "publiczną i notoryczną rozpustę".
Djem, brat Sułtana, który może być zagrożeniem dla jego władzy przyjeżdża do Rzymu. Sułtan jest skłonny zapłacić Borgiom za utrzymanie go w Rzymie, ale hojniej nagrodzi ich, jeśli Djem zginie. Rodrigo szuka godnego kandydata na męża dla swojej córki - Lukrecji.
Rodrigo decyduje, że jego córka zawrze małżeństwo z Giovannim Sforza. Papież nie chce, żeby na ślubie pojawiła się jej matka - Vannozza. Nie podoba się to Ceaserowi i samej lukrecji. Tymczasem Della Rovere udaje się do francuskiego króla i obiecuje mu zdobycie Neapolu, jeśli odrzuci papieża Aleksandra VI.
Lukrecja jest nieszczęśliwa w małżeństwie z brutalnym Giovannim Sforza. Zauważa chłopaka stajennego, który jest dla niej bardzo miły. Della Rovere stara się umożliwić przejście francuskich wojsk w głąb Półwyspu Apenińskiego, ale oczywiście papiestwo ma odrębne cele. Caesar udaje się do Florencji, aby zdobyć poparcie Medyceuszy w tej kwestii.
Po wypadku Giovanniego, Lukrecja się nim zajmuje, ale jednocześnie poświęca coraz więcej czasu na spotkania z chłopcem stajennym. Król Neapolu chce, aby jego córka poślubiła Juana, ale Borgiowie są skłonni wydać za nią jego młodszego brata Joffre'a. Juan udaje się do Neapolu, aby zobaczyć czy to możliwe. Kardynał Della Rovere udaje się do Francji, żeby zdobyć poparcie króla Francji. Ursula, kiedy dowiaduje się, co uczynił Caesar, ma wyrzuty sumienia.
Król Neapolu umiera i władzę w mieście przejmuje jego syn Alfonso. Król Francji chce zdobyć to miasto, więc rusza do ataku przez Włochy. Przestraszony władca Milanu oraz Medyceusze z Florencji pozwalają francuskiej armii przejść przez ich ziemie. W tej sytuacji Rodrigo chcąc się upewnić o wierności Giovanniego Sforzy wysyła do niego Giulię Farnese.
Giulia i Lukrecja uciekają z Pasero. Po drodze trafiają na francuskie wojska i zostają przez nie zatrzymane. Rodrigo mobilizuje swoją armię, żeby postawiła opór siłom wroga. Na czele papieskich sił staje Juan, ale mam małe szanse patrząc na liczność francuskich armat. Giovannni Sforza torturuje winnego ucieczki jego żony.
Armia francuska wchodzi do opustoszałego Rzymu. Kardynał Della Rovere liczy, że inni duchowni zdejmą Rodrigo Borgię z urzędu papieża, ale jemu udaje się dogadać z królem Francji. Charles zostaje koronowany przez papieża na króla zarówno Francji, jak i Neapolu. W międzyczasie Caesar i Micheletto porywają Giovanni'ego Sforzę i dostarczają do Rzymu. Zostaje on oskarżony i niemożność skonsumowania małżeństwa i jeśli nie chce, aby jego związek został unieważniony, musi udowodnić przed kardynałami i ludem Rzymu, że nie jest impotentem,