Po pokonaniu armii francuskiej i uspokojeniu sytuacji w kraju, papież Rodrigo Borgia wzywa swoich synów i oznajmia, że nadszedł czas zemsty. Po pierwsze chce ukarać wszystkich, którzy zdradzili ich podczas nadejścia Francuzów i buntu kardynała Della Rovere. Po drugie postanawia odbudować chwałę Rzymu, aby stał się tak potężny, jak za czasów Cezara. Do wykonania tych ambitnych planów potrzebuje jedności w rodzinie. Najpierw papież organizuje kosztowne święto dla mieszkańców Rzymu. W tym czasie król Francji w Neapolu poszukuje księcia Alfonso, którego wini za zarazę w mieście.
Kardynał Sforza odwiedza papieża, żeby wyrazić zaniepokojenie finansami państwa kościelnego. Rodrigo Borgia chce poznać lepiej życie zwykłych ludzi. Decyduje się w nocy wyjść na ulice w towarzystwie Vittorii i Giulii. Po tej wyprawie zleca kontrolę ksiąg związanych z działalnością charytatywną kościoła oraz szuka sposobu na pozbycie się gołębi z ulic. Do Rzymu przyjeżdża Paolo - ojciec dziecka Lukrecji. Kardynał Della Rovere wpada w paranoję po otruciu. Zostaje w końcu wysłany do Rzymu przez siostry zakonne.
Lukrecja zauważa na ulicy ciało powieszonego Paolo. Wie, że to nie było samobójstwo, ale dla reszty jego śmierć tak wygląda. Załamana traci chęć do życia i Rodrigo dokłada starań, aby znowu zaczęła karmić swego synka. Kardynał Della Rovere zaczyna szukać sojuszników, żeby przeprowadzić zamach na papieża. Król francuski przy poparciu domu Sforza rusza na Rzym, aby dokonać zemsty.
Caesar dowiaduje się, że zwiadowcy francuskiej armii splądrowali klasztor i zgwałcili oraz zabili wszystkie zakonnice, w tym Ursulę. Przy pomocy Micheletto zbiera armię najemników i szykuje na nich zasadzkę, żeby zakosztować zemsty. Następnie torturami stara się wydobyć cenne informacje. Do papieża zgłaszają się Sforzowie z propozycją zaatakowania armii francuskiej, zanim ta opuści Półwysep Apeniński. Borgiowie się zgadzają mając nadzieję, że po tej wojnie zostaną najsilniejszą stroną w regionie.
Po zwycięstwie nad wojskami francuskimi, papież postanawia zająć się kolejnymi problemami. Udaje się w tajemnicy do Florencji, aby poznać zagrożenie ze strony kardynała Savarony i skontaktować się z Medyceuszami. Natomiast syna wysyła do Forli, gdzie ma on wymusić posłuszeństwo Katarzyny Sforzy wobec Rzymu. Były kardynał Della Rovere zdobywa poparcie dla szykowanego przez siebie zamachu.
Po uderzeniu pioruna w rzymski kościół, papież uważa, że w ten sposób Bóg okazuje swoje niezadowolenie. Chcąc naprawić swe uczynki rozpoczyna czterdziestodniowy post. Jego syn, Caesar, powraca z misji dyplomatycznej i oznajmia, kogo tam zabił. Borgiowie wiedzą, że to oznacza wojnę, zatem zaczynają szukać nowego sojusznika. We Florencji Savonarola coraz odważniej atakuje zarówno zepsucie papiestwa, jak i bogactwo Medyceuszy. Natomiast Della Rovere szykuje zamach na Aleksandra VI.
Do Rzymu powraca Juan. Podczas pobytu w ojczyźnie ustatkował się i ożenił. Zaraz po powrocie ojciec zleca mu zdobycie Forli. Lukrecja odrzuca kolejnych kandydatów do swojej ręki. Zwraca jednak uwagę na Raffaela, ale jest on bratem jednego z jej zalotników. Caesar cały czas przebywa we Florencji. Savonarola coraz śmielej sobie poczyna i zmusza wszystkich, aby wyzbyli się swoich majętności. Della Rovere obawia się, że jeśli nie pohamuje swych słów, to papież oskarży go o herezję.
Po poniżającej porażce pod Forli, Juan wraca do Rzymu i oznajmia ojcu, że dzielnie walczył do końca. Caesar, który zna prawdę, podważa tę historię, przez co dochodzi do kolejnego spięcia z bratem. Bardzo mało osób wie, że syn Katarzyny Sforzy - Benito - jeszcze żyje. Lukrecja zgadza się poślubić kandydata wybranego przez ojca, ale nie chce zostawić Raffaella. Della Rovere i jego pomocnicy zbliżają się do zrealizowania planu. Kolejnym krokiem jest pozbycie się obecnego podczaszego papieża.
Sytuacja we Florencji robi się coraz bardziej napięta. Tłum zaczyna palić pierwsze ofiary podejrzane o poważne grzechy. Caesar wyzywa Savonarolę na próbę ognia i obiecuje, że jeśli ten ją przejdzie, to sam też jej podoła. Juan coraz częściej zażywa opium, aby ulżyć sobie w bólu. Raffaello prosi o rękę Lukrecji. Kiedy jej ojciec odmawia, obaj bracia opuszczają Rzym. Antonello przybywa do wiecznego miasta, aby zdobyć pozycję podczaszego papieża. Zanim zostanie zatrudniony musi stanąć z nim oko w oko.
W Rzymie pojawia się nowy adorator Lukrecji. Tym razem ona przedstawia mu się, jako swoja służąca i lepiej go poznaje. Okazuje się, że darzy ją szczerym uczuciem. Po zniknięciu Juana Rodrigo jest zmartwiony z tego powodu. Zleca poszukiwania w całym Rzymie. Ceasar i Micheletto starają się zdobyć przyznanie do herezji od Savonaroli, ale on ciągle odmawia. Antonello przygotowuje się do kolejnej próby otrucia papieża.