Akcja serialu zostaje wznowiona dokładnie w tym momencie, w którym twórcy rozstali się z widzami w poprzednim sezonie. Barbie ma stryczek założony na głowę i czeka na pociągnięcie dźwigni przez Juniora. Ten jednak, nie chce go zabić. Kiedy duża część osób, które przybyły na egzekucję pada zemdlona, Big Jim, Junior, Barbie i Linda ruszają w stronę kopuły, żeby sprawdzić co się dzieje. Kopuła stała się olbrzymim magnesem z każdą chwilą przyciąga coraz większe przedmioty. Julia wyławia z jeziora topiącą się dziewczynę, której nikt wcześniej nie widział. Później pojawia się Sam, który stara się jej pomóc.
Junior znajduje w szkole ciało Angie. Podejrzewa, że za brutalnym morderstwem może stać jego ojciec. Joe i Norrie znajdują w lesie tajemniczą dziewczynę i zabierają do domu. Szybko niektórzy mieszkańcy zaczynają łączyć jej pojawienie się w mieście ze śmiercią nastolatki. W międzyczasie Rebbeca zauważa, że mieście pojawiło się wyjątkowo dużo gąsienic, które stanowią zagrożenie dla zapasów miasta. Big Jim proponuje użycie pestycydów i musi zdecydować z Barbie'em, który z nich poleci samolotem, żeby wykonać oprysk.
Big Jim i Rebeca organizują obowiązkowy spis ludności Chester Mill. Joe, Norrie i tajemnicza dziewczyna szykują się do wybudowania turbin wiatrowych, kiedy ze zdziwieniem zauważają, że mają dostęp do Internetu. Junior spotyka się z Samem i dowiaduje się, że jego matka też miała "zaćmienia". Wraca na miejsce śmierci Angie, żeby sprawdzić czy u niego również pojawią się przebłyski. W mieście zaczyna padać czerwony deszcz o żrących właściwościach. Lyle - tajemniczy golibroda - podejrzewa, że nastąpi wniebowstąpienie i chce powstrzymać Rebekę walczącą z tą anomalią.
Norrie i Joe razem z tajemniczą dziewczyną wgryzają się w jej historię po tym, jak okazało się, że wygląda identycznie jak dziewczyna z kroniki szkolnej sprzed wielu lat. Pomaga im w tym Barbie. Rebeka kontynuuje realizację swojego planu eksterminacji części mieszkańców, chcąc do tego wykorzystać wirus świńskiej grypy. Początkowo Big Jim nie zna jej planów. Julia wiedząc, że nauczycielka chce pozbawić życia część populacji prosi o pomoc Sama i razem starają się powstrzymać ich zanim będzie za późno.
Julia szykuje się do przeprowadzenia procesu Big Jima i Rebeki. Odkąd oni są w więzieniu to właśnie była dziennikarka rządzi miastem. Mieszkańcy dzielą się na dwa obozy popierające obie strony konfliktu. Wiedząc o problemach zaopatrzeniowych Julia postanawia zabrać całe jedzenie w remizie. Junior przeszukuje domek Sama i szuka informacji o swojej matce. Spotyka swojego wujka i razem poszukują Lyle'a. Melanie z przyjaciółmi dalej próbuje rozwikłać swoją przeszłość.
Po odkryciu tajemniczego tunelu za szafką w szkole, Junior podejrzewając, że tam może ukrywać się Lyle rusza w pościg za nim. Towarzyszy mu Sam. Kiedy o wyprawie dowiaduje się nowy szeryf, dołącza do nich. Po chwili Sam i Barbie zostają odcięci od świata w ciemnych tunelach i nieufni wobec siebie szukają drogi ucieczki. Joe i Norrie po kłótni się rozdzielają, a Junior podejrzewając, że Lyle będzie chciał wyeliminować kolejne trzy ręce szuka ich, aby zapewnić im bezpieczeństwo.
Tymczasem Chester Mill nawiedza nowy problem. Po deszczu z kwasu, ziemia jest wysuszona i zrywa się coś, co przypomina burzę piaskową. Big Jim, który stracił autorytet u mieszkańców, chce coś zrobić, ale musi najpierw ponownie zdobyć ich zaufanie.
Po wypadku Sama, Barbie i Julie chcą powiedzieć Juniorowi i Joemu, że Sam zabił Angie i popełnił samobójstwo. Młodzi nie chcą uwierzyć i Dale postanawia zejść w dół tunelu, żeby odnaleźć ciało i potwierdzić swoje słowa. Podczas akcji lina się luzuje i Barbie odcina się od trzymających go Julii i Rebeki dla ich bezpieczeństwa. W końcu dowiaduje się o tym Big Jim i postanawia przejąć urząd szeryfa w mieście.
Barbie stara się ponownie dostać do kopuły i korzystając z pomocy swojego ojca. Postanawia wysłać jej e-maila, zachęcający ją do skoku w ciemność, ale jego ojciec dodaje coś więcej. Sam i Pauline chcą obudzić Lyle'a, ponieważ podejrzewają, że może znać sposób na wydostanie z pod kopuły Juniora. W Chester Mill ktoś zaczyna dokonywać aktów wandalizmu. Big Jim podejrzewa, że są to ataki wymierzone w niego. Junior i Rebeka starają się mu pomóc w znalezieniu winnego.
Big Jim dowiedział się, że Barbie żyje. Naciska na Julię, Rebekę i swojego syna, aby dowiedzieć się czegoś więcej w tej sprawie. Julia musi podjąć decyzję czy odda jajo, żeby uratować życie ukochanego. Barbie zostaje zatrzymany przez ochronę kopuły. Okazuje się, że na rozkaz jego ojca będzie on brutalnie przesłuchiwany. Pauline, Lyle i Sam starają się znaleźć czerwone drzwi, aby wrócić z powrotem do Chester Mill.
W Chester Mill robi się coraz zimniej. Skłania to wtajemniczone osoby do chętniejszego udziału w planie opuszczenia miasta. Big Jim spotyka Pauline, która powróciła i ma nadzieją na odbudowanie swojej rodziny. Norrie i Joe zauważają, że jajo zniknęło. Przy pomocy Huntera starają się je odnaleźć przerabiając policyjny radar. Junior dowiadując się o powrocie Sama, chce pomścić swoją ukochaną i planuje morderstwo swojego wujka.
Po wyrzuceniu jaja do urwiska i zamknięciu się przejścia, pod kopułą robi się coraz zimniej, a Melanie potrzebuje pomocy. Pośpiesznie zorganizowane centrum pomocy w szkole może ma problemy z zapasami paliwa. Barbie i Julia jadą po jedzenie do jadłodajni, ale nie udaje im się łatwo dotrzeć do celu. Joe i Norrie zaczynają podejrzewać, że Hunter jest ich przeciwnikiem.
Kopuła nad miastem Chester Mill zaczyna się kurczyć. Rebeca obawia się, że już niedługo wszyscy mieszkańcy zostaną zasypani zwałami gruzu i ziemi. na dodatek stan Melanie ciągle się pogarsza. Julia sądzie, że ma to związek z jajem, a Rebeca uważa, że jest choroba, którą można racjonalnie wyjaśnić i wyleczyć. Dale dowiaduje się o podwójnej roli Huntera i postanawia to wykorzystać na rzecz miasta. Big Jim stara się zbliżyć do Pauline, aby razem rządzić miastem.
Po tajemniczym zniknięciu Melanie i ataku Lyle'a, bohaterowie mają jeszcze więcej pytań niż wcześniej. Najpierw jednak starają się uratować życie Pauline. Ona jednak już pogodziła się ze swoją śmiercią. Innym problemem jest ciągle zwężająca się kopuła. Barbie i Julia postanawiają poprowadzić mieszkańców w nowo powstały tunel, mając nadzieję na opuszczenie miasta.