Okręt dopływa do zatoki Guantanamo. Załoga spodziewa się, że będą tam w stanie uzupełnić swoje zapasy żywności i paliwa. Okazuje się, że na lądzie nie czeka ich pokojowe przyjęcie. Dodatkowo pomocnik doktor Scott dostaje od kogoś rozkaz zatrzymania statku.
Nathan James spotkał w okolicy wyspy Kuba ostatni rosyjsku okręt atomowy. Kapitan Chandler opuszcza pokład i spotyka się z kapitanem wrogiego okrętu - kapitanem Ruskovem. Rosjanie oczekują przekazania im pierwotnego szczepu wirusa, dr Scott oraz wszystkich wyników jej badań. Amerykanie oczywiście odmawiają, ale nie będąc w stanie przebić blokady, szukają innego sposobu na opuszczenie zatoki.
Tom wspomina swoją rodzinę z powodu rocznicy swojego śluby. Załoga stara się ułożyć swoje życie na statku, a mechanicy zauważają problemy natury technicznej. Dość szybko wysiada zasilanie i na pokładzie wybucha pożar. Zagrożone są wyniki bada nad szczepionką. Na dodatek spaliło się okablowanie filtrów i nie można oczyszczać wody, aby była zdatna do picia. Bardzo skromne zapasy wody i brak chłodzenia silników zmuszają kapitana do odłożenia wyprawy na Kostarykę i ruszają w stronę najbliższego miejsca, gdzie można znaleźć coś do picia. Dr Scott potrzebuje pomocy Quincy'ego do przeanalizowania wyników sekwencjonowania wirusów. Kapitan Chandler jest temu przeciwny, ale Rachel przekonuje go, że na statku nie ma nikogo innego, kto byłby w stanie pomóc.
Statek zbliża się do Kostaryki, gdzie ekipa ma wybrać się w głąb dżungli, żeby złapać małpy, aby przeprowadzić kilka eksperymentów. Okazuje się, że wybrzeże Kostaryki jest zbyt niebezpieczne, więc żołnierze wybierają się do Nikaragui, gdzie 30 mil w głąb lądu znajdował się rezerwat małp. W wyprawie bierze udział między innymi kapitan Tom Chandler, jego zastępca Mike Slattery, uratowany z Guantanamo Tex oraz oczywiście doktor Rachel Scott. Pojawiają się dość szybko problemy, które wymagają zmiany planu.
Doktor Scott zbliża się do odkrycia szczepionki. Rozpoczyna fazę testów na małpach, które zdobyto w Nikaragui. Kapitan Chandler opowiada całej załodze, że statek kieruje się do domu, ponieważ szczepionka jest już prawie gotowa. Kiedy okazuje się, że w badania idą dużo wolniej, kapitan nie chce dzielić się tym z załogą i postanawia opóźniać podróż do ojczyzny. Quincy szybko domyśla się, że coś jest nie tak zaczyna zasiewać wątpliwości. Załoga jest coraz bardziej poruszona.
Załoga okrętu Nathan James usłyszała prośby o pomoc od dziewczyna na okręcie którym umarło już z powodu wirusa 50 osób. Doktor Scott podejrzewa, że może ona być odporna i chce za wszelką cenę się do niej dostać. Kontaktują się z nią, ale po chwili rosyjski okręt pod wodzą Ruskova ma ich położenie. Kapitan Chandler wypływa po dziewczynę w towarzystwie Texa u kilku innych marynarzy. Oczywiście przypływają dość szybko Rosjanie.
Kapitan Chandler po zatrzymaniu przez Rosjan zostaje zamknięty na ich okręcie. Również Tex został zabrany. Oczywiście Ruskov proponuje Amerykanom wymianę Toma za doktor Rachel i jej wyniki badać. X.O. - który sprawuje obowiązki kapitana - nie wie, co zrobić. Na szczęście w badaniach Rachel pojawia się olbrzymi przełom.
Doktor Rachel szykuje się do testów swojej szczepionki na ludziach. Postanawia wybrać sześć różnych osób i dowództwo szuka ochotników do tego zadania. W końcu wybrani zostają odizolowani, zaszczepieni i poddani działaniu wirusa. Rozpoczynają się testy, ale nie wszystko idzie zgodnie z planem.
Okręt Nathan James rusza w kierunku Fortu Detrick. Spodziewają się znaleźć tam laboratorium, które pozwoli im wyprodukować duże ilości leku. Niestety zdjęcia z satelity wskazują, że ośrodek badawczy został zniszczony, co zmusza bohaterów do zmiany swoich planów. Tymczasem rodzina Toma w końcu uległa chorobie i poszukują ratunku u tak zwanej Olimpii.