
Po kilku miesiącach uciekania przed rządem z generałem Talbotem na czele pościgu, Coulson ze swoją drużyną łączy się z ekipą najemników. Ich celem jest stary i potężny artefakt zwany Obeliskiem. Jednak podczas próby zdobycia informacji o nim na scenie pojawia się Hydra, a konkretnie jej przedstawiciel, który ma zdolność do zmieniania swojego ciała w najróżniejsze materiały.
S.H.I.E.L.D cały czas kontynuuje pogoń za Obeliksem. Do gry włącza się Reina, ale nikt nie wie dla kogo ona działa. W tym czasie Talbot stara się porwać agenta Coulsona, a Fitz próbuje dojść do siebie.
Jemma Simmons pracuje dla Hydry, ale nieoficjalnie cały czas pomaga S.H.I.E.L.D. Jej przełożeni we wrogiej organizacji zaczynają mieć wątpliwości, co do jej oddania, więc zostaje zabrana na misję w celu przejęcia Donnie'go Gilla - młodego naukowca, który zdobył moce. Oczywiście również ekipa Coulsona jest nim zainteresowana. Fitz cały czas czuje się oszukiwany i zaczyna poszukiwać prawdy.
Z pożaru kościoła ocalała tylko jedna rzecz - kilkuset letni obraz z tajemniczymi wzorami, które bardzo przypominają rysunki Coulsona i Garetta. Coulson i May jadą na bankiet, aby przejąć ten obraz, ale okazuje się, że wpadł on w ręce Talbota, który okazuje się wyjątkowo niechętny do współpracy. Skye ponownie zaczyna grzebać w swojej przeszłości, a Fitz czuje się odsunięty od grupy.
Zagrożona Raina zgłasza się do Doktora i prosi o Obelisk, aby uratować swoje życie. Ten odmawia, więc ona zgłasza się do Coulsona. Ma dowody na to, że Simmons ciągle z nimi współpracuje i grozi wydaniem jej Hydrze. W organizacji zaczyna się śledztwo w celu znalezienia szpiega. Skye kontynuuje przesłuchiwanie Warda.
W ONZ atakuje grupa najemników zabijając sześć osób. Przedstawiają się jako jednostka S.H.I.E.L.D. W związku z tym senator Christian Ward stara się nakłonić cały świat do zniszczenia wszytkiego, co pozostało po S.H.I.E.L.D. Skye chce zmusić Warda do ujawnienia informacji o swim starszym bracie. Bobbi, Mat i Hunter jadę do Japonii, aby poznać tajniki broni, której użyli napasnicy. Oczywiście byli współmałżonkowie mają problem z dogadaniem się między sobą.
Coulson coraz częściej rysuje tajemnicze wzory. Na dodatek ktoś zabił kobietę w Nowym Jorku rysując jej na plecach te same rysunki. Coulson podejrzewa, że kiedyś ją widział i kiedy się przyglądają sprawie znajdują jeszcze więcej takich malowideł. Reszta drużyny śledzi Warda, który umknął z transportu. Śledzony ma przy sobie duży ładunek C4 dzięki czemu trzyma agentów w szachu.
Coulson zaczyna poszukiwania tajemniczego miasta na wielką skalę. W tym celu najpierw odwiedza Hawaje, gdzie swoim ludziom daje trudne do zrozumienia rozkazy. Fitz ma szansę na powrót do pracy w terenie. Bobbi przesłuchuje pojmanego człowieka z Hydry, który był bardzo blisko Whitehalla, ale ciężko jej coś z niego wyciągnąć. May i Simmons przeglądają stare dokumenty S.H.I.E.L.D. starając się dowiedzieć czegoś na temat wroga. Ward porywa swojego brata i idzie z nim nad studnię, gdzie zginął ich brat.
Po zlokalizowaniu domniemanego miejsca położenia tajemniczego miasta, Coulson leci na miejsce ze swoją ekipą w celu wysadzenia tej struktury. Międzyczasie innym agentom udaje się przejąć Reinę, która ucieka przed Hydrą. Jej przesłuchaniem ma się zająć Skye. Agenci zapomnieli, że wszczepili kiedyś Rainie nadajnik.
Zbliża się wielka konfrontacja S.H.I.E.L.D. i Hydry. Po zabraniu Skye, Ward dotrzymuje słowa i zabiera ją na spotkanie z ojcem. Tymczasem May musi poradzić sobie z licznymi samolotami wrogiej organizacji, które mają za zadanie zestrzelić ich samolot. Coulson podejmuje decyzję, aby wysadzić tajemnicze miasto