Agentka Dana Scully zostaje przydzielona do pracy nad projektem "Archiwum X" u boku wierzącego w zjawiska paranormalne agenta Foxa Muldera. Nowi partnerzy zostają wysłani do zbadania sprawy śmierci nastolatki Karen Swenson, którą znaleziono z tajemniczymi znakami na plecach...
Mulder i Scully udają się do wojskowej bazy lotniczej w Idaho, aby zbadać sprawę pułkownika Roberta Budahasa, który zaczął się nieracjonalnie zachowywać i w zagadkowych okolicznościach zaginął. Śledczy wpadają na trop tajemniczych zniknięć innych pilotów.
Mulder i Scully zostają poproszeni o zbadanie sprawy tajemniczych morderstw, które łączą tylko dwa fakty. Na miejscach zbrodni nie zostały znalezione drogi wejścia i wyjścia sprawcy oraz ofiary zostały pozbawione wątroby przy pomocy gołych rąk. Fox łączy te zabójstwa z podobnymi z dalekiej przeszłości.
Nad jeziorem Okobogee w stanie Iowa dochodzi do tajemniczego rozbłysku światła, po którym znika nastoletnia Ruby Morris. Dziewczyna przebywała na biwaku z matką i młodszym bratem. Fox dowiaduje się o zaginięciu i rusza na miejsce zbadać sprawę, która przypomina mu własne doświadczenia z dzieciństwa.
Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w sprawie dziwnych ataków na ludzi, którzy zostali pogryzieni przez istoty podobne do człowieka. Fox decyduje się poszukać śladów wśród bezdomnych mieszkańców Atlantic City.
W Filadelfii dochodzi do tajemniczych zbrodni, które łączy osoba Lauren Kyte. W niewyjaśniony sposób zostali zamordowani m. in. złodzieje, którzy próbowali ją okraść. Mulder i Scully zaczynają podejrzewać o dokonywanie kolejnych zabójstw byłego szefa Lauren Howarda Gravesa, który kilka tygodni wcześniej popełnił samobójstwo.
W siedzibie firmy Eurisko w Wirginii zostaje zamordowany prezes zarządu Benjamin Drake, który został śmiertelnie porażony prądem. Agenci Mulder i Scully udają się na miejsce zbrodni. Podejrzenia padają na założyciela firmy, Brada Wilczeka. Wkrótce okazuje się, że główny system zarządzający budynkiem przedsiębiorstwa zyskał świadomość.
Grupa badaczy pracujących na Alasce zaczyna się wzajemnie zabijać. Ostatni żywi popełniają samobójstwo. Mulder i Scully po przejrzeniu transmisji wideo z ośrodka badawczego decydują się zbadać sprawę na miejscu. W wyprawie towarzyszą im pilot Bear i grupa wyspecjalizowanych naukowców.
Mulder i Scully na prośbę Michelle Generoo udają się do Houston. Pracownica NASA podejrzewa, że jakaś tajemnicza siła sabotuje program lotu kosmicznego. Dowody wskazują na dowódcę zespołu podpułkownika Marcusa Aureliusa Belta, który w przeszłości kierował wyprawą na orbitę Marsa.
W stanie Wisconsin rozbija się UFO. Pułkownik Henderson razem ze swoim wyspecjalizowanym oddziałem szybko izolują miejsce katastrofy. Do prasy zostaje przekazana informacja o katastrofie kolejowej. Naprowadzony przez informatora Mulder pojawia się na miejscu, aby bliżej przyjrzeć się całej sprawie.
Agenci badają sprawę dwóch identycznych morderstw, do których doszło w tym samym momencie. Ofiary były od siebie oddalone o setki kilometrów, ale zostały zabite w ten sam sposób. Mulder próbuje zdobyć informacje od córki jednego z zamordowanych mężczyzn, Teeny. Dziewczynka opowiada o dziwnym czerwonym świetle oraz dziwnej istocie z chmur.
Do Muldera i Scully zgłasza się detektyw Phoebe Green, która potrzebuje pomocy przy prowadzonym akurat śledztwie. Poszukiwany przez nią seryjny morderca potrafi podobno panować nad ogniem i zabija swoje ofiary paląc je żywcem. Jedynym śladem jaki ma obecnie policja są listy miłosne sprawcy do żon zamordowanych mężczyzn.
Agenci Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie zaginionej pary, która została porwana przez mężczyznę w mundurze policjanta. Śledczy sądzą, że to sprawa seryjnego mordercy. Swoją pomoc oferuje FBI czekający na karę śmierci więzień, Luther Lee Boggs, który twierdzi, że posiada moce psychiczne i jest w stanie znaleźć porywacza.
Mulder i Scully szukają sprawcy morderstw o podłożu seksualnym. Fox sądzi, że przyczyną śmierci ofiar jest śmiertelna dawka feromonów. Trop prowadzi detektywów do wioski Amiszów w Massachusetts. Na miejscu znajdują dziwnie zachowującą się społeczność, którą charakteryzuje całkowity brak dzieci.
Scully wraz z agentem Willisem prowadzą sprawę niebezpiecznych bandytów napadających na banki. Dzięki anonimowej wiadomości udaje im się schwytać jednego z nich, Warrena Dupre. Podczas strzelaniny Jack Willis zostaje poważnie ranny, a bandyta zabity. Kilka dni później postrzelony agent budzi się w szpitalu i zaczyna zachowywać się podejrzanie agresywnie.
Mulder otrzymuje tajemnicze anonimy. Domyśla się, że pochodzą one od Johna Barnetta, którego pomógł schwytać podczas jednej ze swoich pierwszych spraw. W wyniku zaniechania Fox spowodował śmierć zakładnika i jednego z kolegów. Dana odkrywa, że Barnett rzekomo zmarł w więzieniu na atak serca, choć nigdy wcześniej nie skarżył się na podobne dolegliwości.
Głębokie Gardło informuje Foxa, że w Iraku został zestrzelony statek kosmiczny, który właśnie znajduje się gdzieś na terenie Stanów Zjednoczonych. Mulder i Scully rozpoczynają śledztwo. Trop prowadzi ich do Las Vegas, gdzie prawdopodobnie znajduje się ciężarówka z niezwykłym ładunkiem. Sytuacja komplikuje się, gdy agentom zaczyna grozić niebezpieczeństwo.
Z niewyjaśnionych przyczyn zaczynają umierać osoby uzdrowione w cudowny sposób przez Samuela Hartleya. Mulder i Scully postanawiają bliżej przyjrzeć się tej sprawie. Udają się do Tennessee, gdzie odnajdują mężczyznę. Wkrótce zostaje on aresztowany przez lokalne służby policji. Analiza ciał jednej ze zmarłych wskazuje, że została ona otruta cyjankiem.
Jim Parker i jego syn zostali zaatakowani przez wyglądającą jak wilk bestię. Jim zabija napastnika, ale później okazuje się, że był to Indianin, Goodensnake. Mulder i Scully udają się do rezerwatu Indian, by zbadać śmierć mężczyzny, który rzekomo potrafił zamieniać się w potwora.
Grupa drwali z leśnego rezerwatu znika w takich samych okolicznościach, jak ich poprzednicy sprzed pół wieku. Mulder i Scully postanawiają odkryć co kryje się za zniknięciem mężczyzn. Docierają do opuszczonego obozowiska. Już niedługo później okazuje się, że za śmierć drwali odpowiedzialne są owadopodobne żyjątka, które atakują tylko w nocy.
Eugene Tooms, zostaje zwolniony ze szpitala psychiatrycznego po tym jak Mulder opowiada na rozprawie, że Tooms jest odpowiedzialny za morderstwa, które miały miejsce w ciągu ostatnich 100 lat oraz że posiada zdolność rozciągania swojego ciała. Agentom nie pozostaje nic innego jak zapobiec kolejnym morderstwom popełnianym przez mutanta.
Mała dziewczynka, Michelle, błąka się po mieście. Trafia na posterunek, gdzie przesłuchuje ją inspektor Barbala. Chwilę potem zostaje on z dużą siłą wyrzucony przez okno. Michelle opisuje sprawcę. Stworzony na podstawie jej zeznań portret pamięciowy odpowiada wyglądowi Charliego Morrisa, policjanta zamordowanego dziewięć lat wcześniej.
Upośledzony umysłowo Roland pracuje jako sprzątacz w ośrodku naukowym w którym trwają badania nad zaawansowaną technologią napędu odrzutowego. W niewyjaśnionych okolicznościach ginie tam dwóch naukowców. Mulder i Scully postanawiają zająć się tą sprawą.
Policja ściga pirata drogowego, który wykazuje nadnaturalne zdolności. Dzięki wskazówkom Głębokiego Gardła, Mulder odkrywa, że rząd w tajemnicy testuje na ludziach obce DNA.