Przez 97 lat ludzie, którzy przetrwali katastrofę nuklearną na Ziemi, żyją w Arce - olbrzymim statku kosmicznym znajdującym się na ziemskiej orbicie. Władze postanawiają zesłać na powierzchnię 100 młodych ludzi skazanych za różne przestępstwa. Kiedy udaje im się wylądować poznają planetę, która jest inna niż ta znana z opowieści.
Kanclerz dowiaduje się, że jego syn najprawdopodobniej zginął. Abigail zachęca Raven do przygotowania okrętu, który wyląduje na Ziemi. W tym czasie na powierzchni Clarke, Wells, Finn i Bellamy wyruszają z ekspedycją, aby odbić Jaspera porwanego przez Tubylców. Na dodatek młode społeczeństwo musi rozstrzygnąć problem, czy zachować bransolety informujące Arkę o ich stanie, czy raczej je wyrzucić.
Clarke, Wells i Finn szukają leku, który pomoże uzdrowić Jaspera. Bellamy natomiast bierze swoją ekipę i rusza na polowanie, żeby zdobyć jedzenie dla całego obozu. Podąża za nim Charlotte. Obie ekipy mają duży problem, kiedy pojawia się mgła będąca w stanie poważnie poparzyć.
Clarke decyduje się ściągnąć swoją bransoletę, a Monty chce użyć jej do kontaktowania się z Arką. W tym czasie bohaterowie odnajdują ciało Wellsa i narzędzie zbrodni - nóż, który należał do Murphy'ego. Kiedy dowiadują się o tym inni postanawiają go powiesić.
Na pokładzie Arki, Abigail i Raven zbierają części potrzebne do startu próbnika. Nie wszystko mogą jednak osiągnąć legalnymi metodami.
Raven udaje się wylądować na powierzchni, ale do statku pierwszy dociera Bellamy i wyrzuca radio do rzeki. Okazuje się, że jeśli nie uda im się skontaktować ze statkiem 300 osób zostanie zabitych, aby oszczędzić zapasy. Wszyscy zaczynają szukać metody, aby dać znać Arce, jak wygląda sytuacja.
Na pokładzie Jaha, Kein i Abigail toczą spór, jak powinno wyglądać uśpienie obywateli. Abigail chce opowiedzieć ludziom prawdę, a Kanclerz chce oddać swoje życie.
Bellamy organizuje ekipę, której celem jest odnalezienie Octavii. Razem z nim na poszukiwanie rusza m. in. Finn. W tym czasie Clarke prowadzi Raven do schronu, gdzie można znaleźć potrzebne jej rzeczy do odbudowania radia. W retrospekcjach poznajemy historię Octavii, Bellamy'ego oraz ich matki.
Na Ziemi rozpętał się huragan. Raven udaje się nawiązać kontakt z Arką. Abby stara się pokierować Clarke przez operację Finn'a ugodzonego nożem przez Ziemian. Niestety huragan przeszkadza w komunikacji. W tym czasie Bellamy sprowadza do obozowiska pojmanego wroga i decyduje się go brutalnie przesłuchać. W tym czasie Abby zostaje wyrzucona z rady, a Kanclerz dowiaduje się, że jego syn nie żyje, co kieruje go ku ważnym decyzjom.
Między Ziemią, a Arką udało się nawiązać stosunkowo stabilne łącze wideo. Clarke dostaje zadanie odnalezienia schronu sprzed wojny, który może zapewnić schronienie 100 w czasie zimy. Wyrusza z Bellamym, co nie podoba się Finn'owi. Octavia w tym czasie coraz lepiej dogaduje się z tubylcem. Reszta 100 zbiera zapasy. Okazuje się, że nie do końca wiedzą, czego powinni szukać i jeść.
W czasie obchodów dnia jedności na Arce, wybucha ładunek, który zabija sześcioro niewinnych ludzi. Okazuje się, że tym wszystkim stoi Diana, która planuje uciec ze statku wraz z grupą zbuntowanych robotników. Jaha i Kane starają się jej przeszkodzić, ale ona cały czas ich wyprzedza. W tym czasie na Ziemi Finn umawia spotkanie w przywódczynią Tubylców. Idzie na nie Clarke w roli wodza przybyszów. Nie wszyscy jednak wierzą w szczerość Tubylców.
Bohaterowie badają miejsce katastrofy, ale nic ciekawego tam nie znajdują. W tym czasie do obozu powraca Murphy, którego Finn uznaje za cenne źródło informacji, ponieważ banita twierdzi, że przebywał z Ziemianami. Okazuje się, że przytargał do obozu straszną chorobę. Clarke szybko domyśla się, że może to być biologiczny atak na obozowisko zorganizowany przez Tubylców.
Zapasy bohaterów palą się w wędzarni mięsa. Zmusza ich to do wyruszenia na polowanie, aby przygotować się do walki z Tubylcami. Clarke, Finn i Myles wyruszają razem, ale ostatni z nich zostaje postrzelony, a reszta zabrana przez władczynię wroga. Ma ona pewne oczekiwania, co do Clarke. Raven w tym czasie stara się przejść przez rozstanie z Finnem. W Arce natomiast panuje chaos po ucieczce Exodusa. Kane budzi się sam na korytarzu i stara się uratować wszystkich, do których jest w stanie dotrzeć.
Pierwsza część wielkiego finału rozpoczyna się kiedy Clarke jest w niewoli, Finn najprawdopodobniej martwy, a o Monty'm nie wiemy kompletnie nic. Do obozu dowodzonego przez Anyę przybywa ważna persona i zarządza przyśpieszenie ataku na obóz bohaterów. Bellamy spodziewając się takiego obrotu wydarzeń, zaminowuje okolice obozu i motywuje wszystkich do wytężonej pracy. Niestety Murphy ponownie chce posmakować zemsty.
Mieszkańcy obozu szykują się do ucieczki przed nadciągającą gromadą Tubylców. Niespodziewany atak zagania ich z powrotem do obozu, gdzie Bellamy planuje obronę, a Clarke, Raven i Finn szukają metody na zakończenie tego sporu. Była dziewczyna Finna jest jednak zbyt ranna i potrzebuje pomocy. Chłopak podejmuje się wyprawy do jaskini Lincolna po koagulant.
W tym czasie na pokładzie Arki mieszkańcy rozłożyli się po licznych stacjach i ruszają na spotkanie Ziemi. Okazuje się, że Arkę trzeba rozłączyć manualnie.