Samolot Sekretarza Stanu znika nad Oceanem Atlantyckim. Do Elizabeth McCord - analityczki z CIA - przyjeżdża prezydent USA i proponuje jej tę funkcję. Nowa Sekretarz musi pogodzić życie prywatne z zawodowym oraz odnaleźć się w świecie wielkiej polityki i międzynarodowych relacji. Pierwszy problem dotyczy dwóch braci pojmanych w Syrii, którym grozi egzekucja.
Amerykańska ambasada w Jemenie zostaje zagrożona przez protestujących przeciw atakom dronów w obszarze bliskiego wschodu. Madam Secretary musi zadbać o bezpieczeństwo ambasadora, ale nikt nie chce widzieć w tym regionie wojsk amerykańskich. Dodatkowo Elizabeth musi poradzić sobie z mediami, które nagle odkryły obecność jej córki na proteście.